农村宅基地互换更名问题

情况是这样，我爸爸跟村里另一户换了宅基地，96年对方就建好了房子，并且办理了宅基地证更名红本。对方宅基证户主名字为（李某），当时还签订了一份互换宅基地协议（签协议的是李某的儿子）协议书已经20年了，不知道具不具备法律效应和时效，以前起房子起得早没有那么多条条框框的限制，对方就容易办理宅基地使用证更名，现在什么都讲究合法合理规范化，现在我爸爸想起房子，但是国土部门说要去司法部做个公证，司法部门又叫（李某）做个房屋赠与协议，我想咨询下律师就是这种情况，我爸爸应该怎么办？